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病毒感染性疾病具有傳播速度快、影響范圍廣、致病機(jī)制復(fù)雜等特點(diǎn),及時(shí)準(zhǔn)確的診斷是防控疫情蔓延、指導(dǎo)臨床治療的關(guān)鍵。核酸檢測(cè)憑借高特異性、高靈敏度的優(yōu)勢(shì),已成為病毒感染診斷的核心技術(shù),其流程主要包括核酸提取、擴(kuò)增反應(yīng)及結(jié)果分析三大環(huán)節(jié)。其中,核酸提取是去除樣本中蛋白質(zhì)、多糖、脂質(zhì)等雜質(zhì),分離純化目標(biāo)核酸的關(guān)鍵步驟,提取效果直接影響后續(xù)擴(kuò)增反應(yīng)的特異性和靈敏度,進(jìn)而影響檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性。
一、材料與方法
(一)實(shí)驗(yàn)材料
1、病毒樣本:選取常見(jiàn)RNA病毒(新型冠狀病毒、甲型流感病毒H1N1亞型)和DNA病毒(人乳頭瘤病毒HPV16型、EB病毒)的標(biāo)準(zhǔn)品及臨床樣本。其中包括咽拭子、鼻咽拭子及血液樣本共200份。
2、主要儀器:博清生物核酸提取儀、同類商業(yè)化核酸提取儀(對(duì)照儀器A、對(duì)照儀器B)、熒光定量PCR儀、超微量紫外分光光度計(jì)、高速冷凍離心機(jī)。
3、試劑:磁珠法核酸提取試劑盒、對(duì)照儀器專用提取試劑盒、熒光定量PCR檢測(cè)試劑盒(針對(duì)各病毒特異性基因設(shè)計(jì)引物和探針)、無(wú)水乙醇、Tris-HCl緩沖液等,均為分析純或生化試劑級(jí)。
(二)實(shí)驗(yàn)方法
1、樣本處理:將病毒標(biāo)準(zhǔn)品用生理鹽水進(jìn)行梯度稀釋(10^1-10^6copies/mL),臨床樣本按照常規(guī)方法進(jìn)行預(yù)處理,咽拭子和鼻咽拭子樣本加入采樣管中,充分振蕩后取上清液;血液樣本經(jīng)離心分離血清后備用。
2、核酸提?。悍謩e采用博清生物核酸提取儀、傳統(tǒng)手工提取法及對(duì)照儀器A、對(duì)照儀器B對(duì)上述樣本進(jìn)行核酸提取,具體操作按照各儀器及試劑盒說(shuō)明書(shū)進(jìn)行。博清生物核酸提取儀的提取流程包括:樣本加樣、裂解液添加、磁珠結(jié)合、洗滌、洗脫等步驟,全程自動(dòng)化完成,單次提取時(shí)間設(shè)置為30分鐘,同時(shí)處理16份樣本。
3、核酸純度與濃度檢測(cè):采用超微量紫外分光光度計(jì)檢測(cè)提取核酸的A260/A280比值(評(píng)估核酸純度)和A260值(計(jì)算核酸濃度),每個(gè)樣本重復(fù)檢測(cè)3次,取平均值。
4、核酸回收率計(jì)算:根據(jù)病毒標(biāo)準(zhǔn)品的初始濃度和提取后核酸濃度,計(jì)算各方法的核酸回收率,回收率=(提取后核酸總量/初始核酸總量)×100%。
5、熒光定量PCR檢測(cè):將提取的核酸樣本進(jìn)行熒光定量PCR擴(kuò)增,反應(yīng)體系為20μL,包括PCR緩沖液、引物、探針、Taq酶及模板核酸,反應(yīng)條件按照試劑盒說(shuō)明書(shū)設(shè)置。以Ct值(循環(huán)閾值)作為檢測(cè)指標(biāo),Ct值越小表示檢測(cè)靈敏度越高,以Ct值≤38為陽(yáng)性判斷標(biāo)準(zhǔn)。
6、穩(wěn)定性評(píng)估:選取10^3copies/mL 的病毒標(biāo)準(zhǔn)品,采用博清生物核酸提取儀進(jìn)行10次批內(nèi)重復(fù)提取和5次批間重復(fù)提取,通過(guò)計(jì)算核酸濃度和Ct值的變異系數(shù)(CV)評(píng)估儀器的穩(wěn)定性。
二、結(jié)果
(一)核酸純度與濃度比較
超微量紫外分光光度計(jì)檢測(cè)結(jié)果顯示,博清生物核酸提取儀提取的RNA病毒核酸A260/A280比值為1.85±0.06,DNA病毒核酸A260/A280比值為1.92±0.05,均處于1.8-2.0的理想范圍,表明提取的核酸純度較高,蛋白質(zhì)污染較少;傳統(tǒng)手工提取法的RNA病毒核酸A260/A280比值為1.72±0.11,DNA病毒核酸為1.78±0.09,顯著低于博清生物核酸提取儀(P<0.05);對(duì)照儀器A和對(duì)照儀器B的核酸純度與博清生物核酸提取儀無(wú)顯著差異(P>0.05)。
(二)核酸回收率分析
對(duì)于RNA病毒標(biāo)準(zhǔn)品,博清生物核酸提取儀的核酸回收率為(89.6±4.2)%,傳統(tǒng)手工提取法為(66.3±5.1)%,對(duì)照儀器A為(85.3±4.5)%,對(duì)照儀器B為(83.7±4.8)%;博清生物核酸提取儀的回收率顯著高于傳統(tǒng)手工提取法和對(duì)照儀器B(P<0.05),與對(duì)照儀器A無(wú)顯著差異(P>0.05)。
對(duì)于DNA病毒標(biāo)準(zhǔn)品,博清生物核酸提取儀的核酸回收率為(91.2±3.8)%,傳統(tǒng)手工提取法為(70.5±4.6)%,對(duì)照儀器A為(87.5±4.1)%,對(duì)照儀器B為(86.2±4.3)%;同樣,博清生物核酸提取儀的回收率顯著高于傳統(tǒng)手工提取法(P<0.05),與對(duì)照儀器A、B無(wú)顯著差異(P>0.05)。
(三)檢測(cè)靈敏度對(duì)比
熒光定量PCR檢測(cè)結(jié)果顯示,博清生物核酸提取儀提取的RNA病毒標(biāo)準(zhǔn)品最低檢出濃度為10^1copies/mL,對(duì)應(yīng)的Ct值為36.8±0.5;傳統(tǒng)手工提取法的最低檢出濃度為10^2copies/mL,Ct值為37.2±0.6;對(duì)照儀器A的最低檢出濃度為10^1copies/mL,Ct值為37.5±0.4;對(duì)照儀器B的最低檢出濃度為10^1copies/mL,Ct值為37.8±0.5。
對(duì)于DNA病毒標(biāo)準(zhǔn)品,博清生物核酸提取儀的最低檢出濃度為10^1copies/mL,Ct值為36.5±0.3;傳統(tǒng)手工提取法為10^2copies/mL,Ct值為37.0±0.4;對(duì)照儀器A和B的最低檢出濃度均為10^1copies/mL,Ct值分別為37.1±0.3和37.3±0.4。統(tǒng)計(jì)分析表明,博清生物核酸提取儀的檢測(cè)靈敏度顯著高于傳統(tǒng)手工提取法(P<0.05),與對(duì)照儀器A、B無(wú)顯著差異(P>0.05),但在相同濃度下,博清生物核酸提取儀的Ct值更低,表明其提取的核酸模板質(zhì)量更優(yōu)。
(四)穩(wěn)定性評(píng)估結(jié)果
批內(nèi)穩(wěn)定性測(cè)試中,博清生物核酸提取儀提取的病毒核酸濃度CV值為1.8%,Ct值CV值為2.1%;批間穩(wěn)定性測(cè)試中,核酸濃度CV值為3.2%,Ct值CV值為3.5%,均顯著低于傳統(tǒng)手工提取法(批內(nèi)CV值:核酸濃度4.5%、Ct值3.8%;批間CV值:核酸濃度5.2%、Ct值4.7%)(P<0.05),表明博清生物核酸提取儀的操作穩(wěn)定性良好,人為誤差影響較小。
(五)臨床樣本驗(yàn)證結(jié)果
200份臨床樣本經(jīng)博清生物核酸提取儀提取后,熒光定量PCR檢測(cè)陽(yáng)性86例,陽(yáng)性檢出率43.0%;對(duì)照儀器A檢測(cè)陽(yáng)性82例,陽(yáng)性檢出率41.0%;兩種儀器的檢測(cè)一致性較好(Kappa值=0.89),但博清生物核酸提取儀的陽(yáng)性檢出率略高于對(duì)照儀器A,且在低病毒載量樣本(Ct值35-38)中,博清生物核酸提取儀的檢出數(shù)(12例)多于對(duì)照儀器A(8例),表明其在臨床樣本檢測(cè)中具有更高的實(shí)用性。
三、討論
病毒感染檢測(cè)的核心在于快速、準(zhǔn)確地獲取目標(biāo)病毒核酸,而核酸提取作為檢測(cè)流程的首要環(huán)節(jié),其技術(shù)水平直接影響檢測(cè)結(jié)果的可靠性。磁珠法作為目前主流的核酸提取技術(shù),憑借特異性結(jié)合核酸、分離效率高、操作簡(jiǎn)便等優(yōu)勢(shì),已被廣泛應(yīng)用于自動(dòng)化核酸提取儀中。博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)的核酸提取儀基于磁珠法原理,通過(guò)優(yōu)化提取緩沖液配方和自動(dòng)化程序,實(shí)現(xiàn)了病毒核酸的高效提取,本研究結(jié)果充分驗(yàn)證了其技術(shù)優(yōu)勢(shì)。
在核酸純度方面,博清生物核酸提取儀提取的核酸A260/A280比值均處于理想范圍,表明其能夠有效去除樣本中的蛋白質(zhì)等雜質(zhì),減少雜質(zhì)對(duì)后續(xù)PCR擴(kuò)增的抑制作用。傳統(tǒng)手工提取法由于操作步驟繁瑣,容易導(dǎo)致雜質(zhì)殘留,進(jìn)而影響核酸純度,這與本研究中手工提取法的核酸純度較低結(jié)果一致。在提取效率上,博清生物核酸提取儀可在30分鐘內(nèi)完成96份樣本的批量處理,顯著高于傳統(tǒng)手工提取法(單樣本提取時(shí)間約60分鐘),能夠滿足大規(guī)模樣本篩查的需求,尤其適用于疫情爆發(fā)等緊急場(chǎng)景。
核酸回收率和檢測(cè)靈敏度是評(píng)估核酸提取儀性能的關(guān)鍵指標(biāo)。本研究中,博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)的核酸提取儀對(duì)RNA病毒和DNA病毒的核酸回收率均顯著高于傳統(tǒng)手工提取法,且最低檢出濃度達(dá)到10^1copies/mL,與同類商業(yè)化儀器相當(dāng)甚至更優(yōu),表明其能夠高效捕獲樣本中的低濃度病毒核酸,有效避免漏檢。此外,該儀器的批內(nèi)和批間變異系數(shù)較小,穩(wěn)定性良好,能夠減少不同操作人員、不同實(shí)驗(yàn)批次之間的誤差,保證檢測(cè)結(jié)果的一致性,這對(duì)于臨床診斷和科研數(shù)據(jù)的可靠性至關(guān)重要。
臨床樣本驗(yàn)證結(jié)果顯示,博清生物核酸提取儀的陽(yáng)性檢出率略高于對(duì)照儀器A,尤其在低病毒載量樣本中表現(xiàn)更優(yōu),這可能得益于其高效的核酸回收率和較低的雜質(zhì)殘留,使得低濃度病毒核酸能夠被有效擴(kuò)增和檢測(cè)。同時(shí),該儀器的操作流程自動(dòng)化程度高,無(wú)需復(fù)雜的手工操作,不僅降低了操作人員的勞動(dòng)強(qiáng)度,還減少了交叉污染的風(fēng)險(xiǎn),進(jìn)一步提升了檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性。
當(dāng)然,本研究也存在一定局限性,如僅針對(duì)幾種常見(jiàn)病毒進(jìn)行了驗(yàn)證,對(duì)于其他類型病毒的提取效果仍需進(jìn)一步評(píng)估;此外,樣本類型主要包括咽拭子、鼻咽拭子和血液樣本,對(duì)于痰液、糞便等復(fù)雜樣本的提取性能還需深入研究。未來(lái),可進(jìn)一步擴(kuò)大樣本類型和病毒種類,開(kāi)展多中心、大樣本量的臨床驗(yàn)證,為博清生物核酸提取儀的廣泛應(yīng)用提供更全面的依據(jù)。
博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)的核酸提取儀采用自動(dòng)化磁珠法技術(shù),具有提取快速、純度高、回收率高、穩(wěn)定性好、檢測(cè)靈敏度高等優(yōu)勢(shì),能夠滿足病毒感染檢測(cè)中核酸提取的需求。該儀器不僅簡(jiǎn)化了操作流程、提高了檢測(cè)效率,還提升了檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性,在臨床病毒感染診斷、流行病學(xué)調(diào)查及科研實(shí)驗(yàn)中具有重要的應(yīng)用價(jià)值和推廣前景。
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